Blant de mest interessante ingrediensene i spillet var en RPG-aktig karakterutvikling og muligheten til å løse problemer på flere måter. Ion Storm er som kjent i gang med oppfølgeren Deus Ex 2: Invisible War, og det er foreløpig planlagt til PC og Xbox.
Historien i oppfølgeren begynner 20 år etter det som skjedde i det første Deus Ex-spillet. Spilleren vil ta rollen som Alex D. i sin søken etter svar på sin mystiske bakgrunn, som fører til at han blir dratt inn i konflikten som pågår mellom flere religiøse og politiske sekter. Utgiver Eidos lover at spillet vil ha et spennende, ikke-lineært plott der spilleren er helt fri til å gjøre hva han vil. Videre fortelles det at de unike ingrediensene som gjorde det første spillet en suksess er beholdt og videreutviklet.
Dette gjelder hovedsaklig karakterutviklingen, problemløsningen og at det spilleren foretar seg får direkte konsekvenser for miljøet rundt ham. Dessuten har spilleren mulighet til å besøke fremtidige visjoner av blant annet Seattle, Kairo og London. En av de mest spennende ideene i spillet er at man skaffe seg superkrefter ved å eksperimentere med utstyr og nano-tech-deler. For eksempel kan man se gjennom vegger, hoppe 15 meter opp i lufta, fikse kritiske skader eller gjøre seg selv usynlig for radar.
