Det hele vil utarte seg som en interaktiv grafisk roman. Spillet starter med at får kontroll på hovedpersonen etter at han har blitt skylt i land på en strand. Personen lider av kraftig hukommelsestap og aner ikke hvor han er, eller hvorfor han er der.
Han forstår enda mindre når han finner ut at "XIII" er tatovert på brystkassen, og lommeboken inneholder en nøkkel til en bank i New York. Han er i tillegg såret. Etter hvert som du beveger deg inn i historien får du militær kompetanse, og blir en del av en konspirasjon mot den amerikanske regjeringen. Din oppgave blir da å hindre at denne konspirasjonen finner sted. Problemet ditt er at du ikke vet hvilken side du står på, du vet heller ikke hvem du er.
- XIII blir en helt ny spillopplevelse. Vi har spesifikt valgt elementer som "cel-shading" for å få fram den samme stemningen og humorer som er å finne i tegneserier. Med den revolusjonerende "cel-shading"-effekten i førstepersons-vinkel, Unreal-teknologi og en unik historie bak det hele, vil XIII tøye grensene for et interaktivt gameplay man aldri har sett tidligere, fortalte Laurent Detoc, president i Ubi Soft Entertainment i en pressemelding tidligere i år.
Av og til får hovedpersonen "flashbacks", og dette er den eneste måten du får vite noe om forhistorien til personen. Her kommer minnene fram, og historien drives videre. Noen av disse scenene vil også være spillbare, slik at det blir opp til spilleren å finne den skjulte informasjonen. Alt du finner kan brukes som f.eks. våpen eller skjold. Du kan ta et gissel og bruke det som et menneskelig skjold om du måtte ha behov for det, eller du kan kaste stoler og knuse flasker mot fiendene. Det vil selvsagt også være vanlige våpen, som Beretta, M16, Shotgun, AK-47 og sniksnytter-rifle for å nevne noen.