For øyeblikket er det svært lite å si om etterfølgeren til Wind Waker, annet enn at det ser ut som at Nintendo jobber med den. Under Nintendo sin presentasjon på GDC-messen i San José snakket Eiji Aonuma om Zelda-serien, og på et lysbilde om historien til serien stod teksten "Wind Waker 2: 200X" (hvor 200X antakelig står for årstallet). Videre kom Eiji Aonuma med en kort kommentar om at Nintendo allerede jobber med denne etterfølgeren.
Dette vil altså si at spillet er under utvikling, og at det vil komme før 2010. Det store spørsmålet er nok om Wind Waker 2 vil komme til denne generasjonens GameCube, eller om det vil komme til Nintendo sin nestegenerasjonsplattform. For å kunne konkurrere med Sony og Microsoft sine nye konsoller vil nok Nintendo måtte komme med noen store titler på sin nye plattform, og Wind Waker 2 virker i så måte som en ideell tittel.
Vi vil være på pletten med mer informasjon når den kommer.