Ta vare på rekruttene
En annen ting som gjør dette aspektet av spillet så viktig er at du hele tiden mangler ressurser. Enkelte våpen har du evig tilførsel av, men flesteparten må du enten finne eller produsere selv, og det samme gjelder ammunisjon. Det betyr at du må tenke på å konservere kulene og passe på at rett mann har rett våpen til en hver tid. Her kommer vi inn på et annet område hvor UFO: Aftermath gjør det svært godt, nemlig i forhold til karakterutvikling. Du begynner spillet med en eller to rekrutter som er temmelig grønne, men etter hvert som spillet går får du muligheten til å gradvis forvandle dem til de reneste drapsmaskinene.
Det er to områder som spiller inn på hvor godt en soldat klarer seg i felten: Evner og attributter. Atributter er fysiske og psykiske egenskaper, altså slike som fysisk styrke, intelligens, viljestyrke og bevegelighet. Hver av disse kan forbedres når karakteren går opp i rang, noe som skjer hver gang han når et visst erfaringsnivå (erfaring får han av å utføre oppgaver i felten). Evner er tillærte egenskaper, som bestemmer karakterens styrke på ulike områder. Eksempler er evner i de ulike våpenklassene (snikskytter, rifler, håndvåpen, granater og utskytningsbaserte våpen), observasjonsevne og snikeevne. I tillegg regnes karakterens maksimale helsepoeng og evne til å motstå telepatiske angrep som tillærte evner.
Det er altså atributtene som i utgangspunktet bestemmer evnene. Jo større styrke karakteren har, jo bedre blir han for eksempel i forhold til tyngre våpenklasser og bæreevne. I tillegg kan du forbedre evnene ved å trene opp soldaten. Hvilke opplæringsmuligheter karakteren har avhenger igjen av de fysiske attributtene. De ulike opplæringsmulighetene er klassebaserte, og du kan for eksempel trene soldatene opp til å bli feltleger, snikskyttere og speidere. Hver av disse forbedrer relevante evner, og så lenge en soldat har de nødvendige attributtene kan du trene han opp til hva som helst. Hver evne kan imidlertid kun oppgraderes en enkelt gang, noe som vil si at jo flere opplæringer en soldat går gjennom, jo mindre tjener han på hver enkelt.
Skreddersydd angrepstyrke
Det sier seg selv at for å sette sammen en slagkraftig styrke blir du nødt til å bruke mye tid på å skreddersy soldatene til de ulike oppdragene du ønsker å bruke dem til. En angrepstyrke der alle har rimelig like evner vil raskt bli utslettet når du møter fiender disse evnene egner seg dårlig mot. Dette betyr også at hver enkelt soldat blir verdifull, og du gjør hva som helst for å holde dem i live så lenge som mulig. Hvis en soldat mister svært mye helse vil han falle om, og være ute av stand til å forsvare seg. Da må en medsoldat hjelpe med førstehjelpsutstyr, og helst litt raskt, for den sårede vil være ekstremt sårbar (og fienden vil ikke nøle med å gjøre seg ferdig med han en gang for alle, skulle de få sjansen til det).
Fiendens kunstige intelligens og evne til å effektivt angripe deg er høyst variabel. I begynnelsen er de svært lette å ta seg av, og de ser ikke ut til å bry seg med lagarbeid overhodet. Senere blir det verre, men dette er egentlig mer på grunn av våpnene deres. Når du begynner å møte fiender med rakettkastere og liknende sier det seg selv at ting blir vanskelig, selv om motstanderen ikke nødvendigvis er mer intelligent. Faktisk er vanskelighetsgraden et av spillets problemer. I lange perioder føles spillet for lett, og så blir det plutselig svært vanskelig. Noen senere oppdrag føles praktisk talt umulige.
Fiendene er både varierte og fantasifulle. Det er to typer fiender, nemlig mutanter og romvesener. De grå romvesenene tåler ikke jordens atmosfære og tyngdekraft, så i stedet for å gå ut i felten selv har de skapt en rekke groteske mutanter. Noen av mutantene har evnen til å bruke våpen (både basert på jordisk og fremmed teknologi), mens andre spytter syre eller har mer fantasifulle innebygde angrepsmekanismer. Romvesenene selv har en fysikk ganske lik vår egen, men våpen og rustningsteknologien deres er langt overlegen.
