Historien i spillet begynner med at Sam Fisher blir gjeninnkalt til tjeneste for NSA. Det hele står og faller på Sam, om han lykkes i jobben blir Third Echelon fast avdeling under NSA. Året er 2004, under en fredelig overflate truer en verdenskrig. I Georgia er den amerikanske visepresidenten på besøk, han er der for å være med på feiringen av et landsomspennende datanettverk som har blitt laget i landet. Over TV-skjermene ruller bilder av den georgiske presidenten i hyggelig passiar med den amerikanske visepresidenten. Under overflaten lurer en helt annen virkelighet. Om kort tid skal det vise seg at USA har en farlig fiende i president Nikoladze. Du gjenopptar din karriere som NSA-agent med å gjennomgå en enkel trening i hovedkvarteret. Her frisker du opp kunnskapene i alt fra å klatre på vegger og fire deg ned stiger, til å snike deg opp på vakter og dirke opp låste dører.
Etter å ha gjennomgått denne enkle treningen er det på tide å begi seg ut i verden for å gjøre litt ordentlig arbeid. Det går ikke lang tid før du er på vei til ditt første skarpe oppdrag. To CIA-agenter er savnet i T'blisi, den ene var dypt inne i Nikoladzes nærmeste krets som muldvarp. Den andre agenten var der for å redde muldvarpen etter flere dager med manglende rapporter. Nå er det altså din oppgave å finne dem begge. I din leten etter de to må du snike deg gjennom trange gater og smug i den gamle delen av T'blisi. Det er letter sagt enn gjort, vaktholdet i byen er strengt og skulle du bli sett av politiet eller hæren kan du regne med at de gjør det de kan for å stoppe deg. Du må benytte deg av alle triksene i boka, snike deg i skyggene, snike deg opp bak folk og slå dem bevisstløse, eller rett og slett plassere en kule i bakhodet på dem. Etter mye om og men, og mye sniking kommer du fram til det stedet søkerne til agentene sist sendte fra, en liten lokal politistasjon. Etter å ha sneket deg inn her og lett deg fram, finner du de to agentene døde i likhuset.
En ny verdenskrig truer
Herfra nøster det seg sakte men sikkert opp en historie som inneholder mord, terrorisme og atomvåpen. Det skal vise seg at Nikoladze ikke er den kjernekaren USA trodde han var. Han har nemlig i skjul lagt planer om å straffe USA. Det var disse planene CIA-agentene fikk nyss om, og det var derfor de ble så brutalt tatt av dage. Din jobb er å finne ut hva planene går ut på, og gjøre hva du kan for å stoppe dem. Noen ganger har du muligheten til å benytte deg av "den femte frihet", det vil si at du kan bruke dødelige virkemidler for å nå dine mål. Andre ganger må du klare deg gjennom et helt oppdrag uten å ta livet av noen.
Når du løper rundt på et oljeraffineri midt ute i Svartehavet står du fritt til å gjøre hva du vil, du kan slå ned folk, skyte dem eller sprenge dem i fillebiter med en granat for den saks skyld. Alt som må til for å stoppe terroristene er tillatt. Andre ganger, som når du skal hacke deg inn i hovedserveren i CIA-hovedkvarteret, har du ikke det valget. Da er det tross alt "uskyldige" amerikanere det er snakk om. De står derimot fritt til å gjøre hva de kan for å ta deg av dage. Dermed må du være klar for mye sniking i skyggene og bruk av ikke-dødelige midler. Du har ikke lenger muligheten til å plante en kule i panna til noen som plager deg. Det du derimot har muligheten til er å slå dem ned, eller du kan gjøre det jeg liker best: Gi dem en god dose strøm ved å skyte en strømladning på dem.
Etter hvert som spillet går framover vil oppdragene bli lenger, og ikke minst mye vanskeligere. Fiendene blir dyktigere, og det blir mange, mange flere av dem. Heldigvis får du etter hvert også tilgang til heftigere utstyr og våpen. Fra å bare ha tilgang til en enkel lyddempet pistol har du nå en rifle, ymse granater, kameraer som plystrer og gasser i hjel folk og masse andre morsomme ting. For å klare deg gjennom et helt oppdrag må du belage deg på å bruke alle virkemidlene du har, enten det er for å avlede eller rett og slett for å ta livet av en stakkar som står i veien for deg. Ettersom spillet blir såpass vanskelig etter hvert er det godt det er lagt inn en lagringsfunksjon. Du har ikke muligheten til selv å velge når du skal lagre spillet, og godt er det. Muligheten for å lagre kommer på faste steder på hvert brett, gjerne etter du har vært gjennom en spesielt krevende del av brettet. Til tider er spillet så pass vanskelig at jeg ønsket meg en mulighet til å lagre der og da, men hadde den vært der tror jeg spillet hadde blitt for enkelt. Sånn som det fremstår nå er lagringen lagt opp veldig smart, og det hjelper til å gjøre spillet akkurat passe utfordrende.
