Mina er en sterk ung kvinne som har bestemt seg for å gjøre det mange drømmer om, men de færreste realiserer, nemlig å seile jorden rundt. Dessverre (og kanskje til skrekk og advarsel for alle andre som sitter med lignende tanker) blir hun fanget i en vanvittig storm, og ender opp strandet på en tilsynelatende ubebodd øy. Etter som hun utforsker de nye omgivelsene sine finner hun gjenstander, bosteder og teknologier som stammer fra folk som har bodd på øya før hun kom dit.
Mina er ikke den som legger seg ned og gir opp når hun møter motgang, og hun bestemmer seg for å bygge seg et hjem blant de mange merkelige ruinene som dekker øyplatået. Ved hjelp av kunnskap om naturen klarer hun å overleve, men etter hvert begynner det å gå opp for henne at hun ikke er fullstendig alene i det nye hjemmet hennes. Hun legger nemlig merke til en mystisk figur i skyggene, og etter hvert tar faktisk denne figuren kontakt med henne.
Det viser seg at figuren tilhører spøkelset til kaptein Nemo, og han har et problem: Kroppen hans ligger i undervannsbåten Nautilus, i en skjult havn dypt under bakken. Nemo tilbyr sin hjelp, mot at Mina finner kroppen hans og gir ham en ordentlig begravelse slik at han endelig kan få fred.
Med Nemo sin hjelp må Mina finne Nautilus og kroppen til den avdøde kapteinen. På veien vil hun møte mange utfordringer som krever både kløkt og visdom for å overkomme. Når hun finner Nautilus vil hun måtte bruke den mystiske teknologien der til å hjelpe seg, slik at hun til slutt kan vende tilbake til sivilisasjonen.
Return to Mysterious Island er et pek-og-klikk eventyrspill som lover flott forhåndsrendret grafikk. Etter skjermbildene å dømme er det snakk om et førstepersonsspill i stil med Myst. Spillet er under utvikling hos Kheops Studios, kjent for Crystal Key II og The Egyptian Prophecy.