Trøbbelet rundt Stargate SG-1: The Alliance startet allerede i fjor høst, da spillets utgiver, JoWooD, kunngjorde at de hadde avsluttet samarbeidet med den australske utvikleren Perception Interactive, som utviklet spillet. De to selskapene havnet så i en svært offentlig konfrontasjon - JoWooD hevdet at grunnen til at de droppet Perception var at spillet ikke var godt nok, mens Perception hevdet at JoWooD ved flere anledninger hadde brutt kontrakten mellom de to selskapene.
Perception sa imidlertid at de ville fortsette å utvikle Stargate SG-1, og at de var på utkikk etter en ny utgiver. Japanske Namco hadde allerede signert en distribusjonsavtale med JoWooD om spillet, og ryktene ville ha det til at det også var kontakt mellom Perception og Namco angående en utgivelsesavtale. Nå ser det imidlertid ut til at håpet er ute for Stargate SG-1.
I følge en forumpost fra en administrator på nettstedet Crazy Ivans Stargate Alliance Board, er spillet nå kansellert. Kildene hans skal være to personer fra Perception, som ønsker å være anonyme inntil videre.
Ting tyder også på at Perception er på vei til å bli nedlagt, etter å ha investert store summer i Stargate SG-1. Grunnen til kanselleringen skal være at MGM ikke vil gi Perception den nødvendige lisensen til å ta spillet til en annen utgiver. En gruppe Stargate-tilhengere har allerede satt i gang en underskriftsaksjon for å få MGM til å ombestemme seg, og det forventes at MGM vil komme med en offisiell uttalelse om spillet om kort tid.
