De to tvillingjentene Mio og Mayu sitter ved en elv og prater om den gang Mayu falt i elven og skadet beinet sitt. Mens Mio drømmer seg bort blir Mayu lokket vekk fra samtalen av en lysende rød sommerfugl, og med ett befinner Mio seg alene. Hun følger lysglimt hun skimtrer inne i den mørke skogen, og finner til slutt sin søster omringet av røde sommerfugler. Ut av tåketeppet de blir omringet av titter det frem en øde by. Ryktene skal ha dette til å være en spøkelsesby og at de som forviller seg hit aldri kommer ut igjen. Jentene gjør den store feilen å entre byen, og dermed er marerittet i gang.
De røde sommerfuglers by Søstrene finner ark fra en dagbok som beskriver den natten alle innbyggerne i byen døde og at de går igjen som spøkelser. Mio og Mayu setter umiddelbart igang med å utforske byen for å få svar på hva som egentlig skjedde. Kort fortalt dreier det seg om en avstedsliggende by som lider av overtro, og hele byen er innblandet i et motbydelig ofringsrituale. På en spesiell festdag må den eldste i et tvillingpar drepe den yngste. Landsbyfolket tror nemlig at tvillinger egentlig er én person, og ved at den ene ofres bringes den delte sjelen sammen i den gjenlevende kroppen. Liket av den yngste tvillingen må dumpes i brønnen som inneholder hele helvete og all dens ondskap, ellers vil de onde åndene slå seg vrange og drepe alle i byen.
En gang ble ikke dette ritualet fullendt fordi den ene av to tvillinger nektet å ofre sitt liv og rømte fra seremonien. Dermed ble portalen til helvete åpnet og hele byen er nå fylt av forbannede spøkelser. De er ute etter to tvillingsøstre som kan fullføre ritualet, og bruker Mayu, den eldste tvillingsøsteren, som et medium i sin kamp for hevn og rettferdighet. Tidlig merker Mio at det er noe skummelt med søsterens oppførsel. Det er dermed opp til Mio å sørge for at spøkelsene ikke får manipulert henne til å gjennomføre deres onde plan, nemlig å drepe Mio i tråd med ritualet. I starten virker ikke historien veldig dramatisk, heller ganske typisk. Etter hvert som timene går skjønner en derimot at det her er snakk om en intrikat historie som inkluderer en lang rekke hemmeligheter og vederstyggeligheter.
Spillet går ut på å føre tvillingsøstrene, hovedsakelig ved å styre Mio, ut av denne spøkelsesbyen. De onde spøkelsene er hele tiden ute etter dem og for at de skal stoppes må Mio komme til bunns i saken, samt redde Mayu fra hjernevaskelse. Mio møter på en fengslet, ung gutt som gir henne råd om hva hun skal gjøre for å komme seg videre i dette makabre puslespillet. Hun må løse gåter og klare diverse oppgaver for å få tak i nøkler som kan låse opp skjulte dører. På toppen av dette må hun bekjempe spøkelsene som prøver å ta livet av henne og søsteren. Til dette trengs et kraftig våpen.
