Metal Gear Solid 3: Subsistence er en videreutviklet versjon av Snake Eater. Spillet kommer blant annet med et nytt kamerasystem som tillater deg å se handlingen fra en rekke forskjellige vinkler. I tillegg inneholder det de to første Metal Gear-spillene, som opprinnelig ble lansert for datamaskinen MSX2, som var svært populær i Japan.
Det er imidlertid flerspillermodusene Konami er mest stolte av. Disse er "sneaking missions" (hvor en spiller må prøve å stjele et objekt bevoktet av de andre spillerne), "capture missions" (hvor to lag må prøve å få tak i samme objekt), "rescue missions" (hvor et objekt må fraktes til et spesielt sted mens det andre laget prøver å ødelegge det), "death marches" og "team death marches" (de to sistnevnte ser ut til å være rimelig normal "death match" og "team death match").
Kartene er satt til nøkkelområder fra Snake Eater, slik som Small Forest, Kill House og Abolition Factory. Konami forteller at hver modus kommer med opp til fem forskjellige oppsettsmuligheter. Kontrollsystemet vil være som i enspillerdelen, og spillere som gjør det godt vil bli belønnet med muligheten til å spille som viktige personer fra spillet. Åtte spillere vil kunne kjempe mot hverandre samtidig, over nettet.
Metal Gear Solid 3: Subsistence vil lanseres for PlayStation 2 i 2006.