Naruto: Ninja Council 3 kommer med et oppdragsbasert gameplay og over 20 figurer fra Naruto-universet, hver med sine egne unike egenskaper. Du kan selv velge hvem du vil bruke, men hvert brett har unike utfordringer som krever spesialiserte egenskaper.
En av de største nyhetene denne gangen er et nytt system for angrep, hvor spilleren kan skreddersy figuren sin og "låne" spesialangrep fra andre figurer. Ved å kombinere de beste teknikkene og angrepene, øker du sjansene for å vinne oppdraget du spiller. Angrep aktiveres ved hjelp av mikrofonen eller den trykksensitive skjermen.
Totalt får vi over 40 oppdrag, fire forskjellige spillmodus (inkludert "timed mode", "scroll collection mode" og "head to head versus mode") og femten forskjellige miljøer. Ved hjelp av trådløst nettverk kan opp til fire spillere kjempe mot hverandre.
I USA er det D3Publisher som tar seg av utgivelsen, og spillet er ventet i salg til våren.