Samus Aran er på oppdrag for den Galaktiske federasjonen. Målet er å spore opp, og finne ut kva som har skjedd med ei gruppe forsvunne tropper. Ho finn dei til slutt, men ikkje i den tilstand federasjonen gjerne skulle ha sett, for slikt blir det absolutt ikkje gode spel av. Det som møter Samus er planeten Aether, og konflikta mellom rasane Luminoth og Ing. Luminoth er dei fredelege bebuarane på planeten, men i det siste har Ing, som kjem frå ein mørk og livsfarleg versjon av Aether, starta ein invasjon. Dei har kun eit mål; å øydelegge alt dei kjem over. Som før står Samus Aran aleine mot ein tilsynelatande overveldande fiende. Kva meir kan vi ynskje oss?
To versjonar av ei verd Du kan praktisk talt føle på kroppen at Dark Aether er ein plass du bør halde deg langt unna. Om du går ubeskytta gjennom lufta klistrar gift seg til kroppen din, og helsa di synk i dramatisk tempo, medan gassane brenn mot kroppen din. Dei einaste stadane du er trygg er ved krystallar som dannar sikre soner der du kan regenerere helse. Det gir ein enorm følelse av klaustrofobi. Lufta er så tjukk at du praktisk talt kan ta på den, og den er så full av gassar at eit menneske ikkje ville levd lengre enn nokre sekund. Det kan på ein måte samanliknast med å gå under vann, om vannet er rein gift i flytande form. Dark Aether er for det meste identisk med Aether i landskap og arkitektur, og du må ofte reise fram og tilbake mellom dei to verdene for å løyse oppgåver.
På same måte som spel som Sudeki og Zelda 3: A Link to the Past er dette ein versjon av den originale verda, med det unntaket at alt er mørkt og dystert. Samus blir etter kvart nødt til å hjelpe dei innfødde med å bli kvitt hordene som invaderar, og undervegs møter ho kolsvarte monster, ein mørk versjon av seg sjølv, og sjølvsagt rompiratar. Det følest ikkje spesielt nytt, men når det er så finpolert og gjennomført som Metroid Prime 2: Echoes, blir det aldri noko ein bryr seg om. I tillegg til standard-våpenet til Samus Aran er det også tre nye og tøffe våpen som vil bli nødvendige å bruke i forskjellige situasjonar. To av våpena brukar lys eller mørk kraft, medan eit tredje våpen kan oppsøke eller svimeslå fiendar i eit område avhengig av om du ladar opp skotet eller ikkje. I tillegg vil du kunne skyte misslier for å gi kraftigare skade.
Sjølvsagt er også morph-ballen til stade, noko som skiftar synsvinkelen frå førsteperson til tredjeperson. Av og til vil du kome inn i område der kameraet skiftar til temmeleg klassisk plattformstil, og nokre av desse områda kan vere temmeleg gode tankenøtter. Du ser noko du gjerne vil nå fram til, men det kan vere frykteleg vanskeleg å finne rett veg. Bruken av ballen blir ikkje begrensa til trange korridorar, sidan den er heilt essensiell i ein del forskjellige situasjonar. Når du får tak i edderkopp-ballen kan du rulle langs skinner som du tidlegare kun har sett lengtande på. Ei anna oppgradering lar deg bygge opp farten på ballen for å enten skyte fart i ein bestemt retning, eller rulle opp veggar.
Ikkje som alle andre Kontrolloppsettet er det same som i Metroid Prime, både på godt og vondt. Det er sjeldan du hamnar i kritiske situasjonar på grunn av at du ikkje kan sjå rundt deg medan du går, men det skjer, og aller helst mot kraftige fiendar. Kontrollsystemet i Metroid Prime-spela går ut på at du både bevegar deg og ser rundt deg med venstre kontrollstikke. Skal du sjå opp og ned må du halde inne R-knappen. Sidan du kan låse deg fast til fiendar fungerar det stort sett fullstendig utmerka, men av og til greier fiendane å rive seg ut av synsfeltet ditt, og hamnar bak deg. Med eit standard kontrolloppsett hadde dette vore simple greier, men sidan du må stå i ro for å snu deg raskast mogleg, eller for å sjå opp og ned, kan fienden forårsake mykje skade på den tida du brukar på å finne han igjen.
Det er ein anna ting du oppdagar medan alt dette held på, hadde det ikkje vore for at du ofte må bruke unødvendig mykje tid for å få fienden i sikte (slik at du kan låse deg fast), ville fiendane ha vore mykje lettare å ta knekken på. Sjefskampar går for det meste ut på å finne eit svakt punkt, og finne eit mønster du gjentar nokre gongar før fienden muterar litt og blir enda vanskelegare. Det er ganske klassisk. Det er også litt deprimerande å innsjå at den einaste grunnen til at du kanskje må ta ein sjef om igjen, er fordi du blei drept medan du prøvde å låse deg fast slik at du kunne få sendt i stor kule av død i hans retning.
Når det er sagt er det viktig å poengtere at sjefskampar er ein svært liten del av Metroid Prime 2: Echoes si heilheit. For det meste er kampar ei enkel affære der eit par velplasserte skot burde gjere kol på det meste. Først og fremst er Metroid Prime 2: Echoes eit eventyrspel i førsteperson. Det som gjer spelet så bra er den fantastiske stemninga, og gode oppgåvene du må løyse undervegs. Mykje av tida di vil gå med til å sjå gjennom søke-visiret til Samus for å finne gjenstandar og objekt av betydning. Ved å bruke visiret vil du etter kvart få ein veldig god forståelse av kva som har skjedd på Aether, og det er ein veldig god måte å bygge opp spenninga. Ved å studere døde skapningar kan du få eit innblikk i kva som har skjedd, og du finn gjerne loggbøker og tips om kva som bør bli dine neste steg.