I Paper Mario 2 har den italienske rørleggeren Mario blitt flat. Helt flat, faktisk, og dette betyr at han kan brettes omtrent slik som papir. Hvis han trenger å komme seg over en kløft, kan han for eksempel brettes til et papirfly og sveve over. Skal han krysse vann kan han gjøre seg om til en papirbåt, og skal han komme gjennom smale åpninger behøver han rett og slett bare å gå sidelengs.
Ved hjelp av disse origami-kreftene må Mario og ledsagerne hans redde prinsesse Peach, som har blitt kidnappet av noen onde fælinger. For å redde henne må Mario følge et magisk kart og finne de kraftige Stjernekrystallene, for kun ved hjelp av disse vil han kunne finne prinsessen. På veien vil han møte mange karakterer som kan kombineres med Mario, og dette tillater nye bevegelser.
Som vanlige konsollrollespill kommer Paper Mario 2 med turbasert kamp, men her foregår handlingen på teateraktige scener hvor Mario må imponere publikum. Slik får han tilgang til superangrep, men hvis han skuffer dem vil de begynne å kaste ting på ham. Andre hindringer på veien til prinsessen inkluderer mørkkledde figurer som legger planer for å sørge for at den onde Skyggeheksen kommer tilbake og en svært sint Bowser.
Mario har en rekke verktøy som han kan bruke til å hjelpe seg, og her nevnes hammere og lyn. Han vil også kunne plukke opp spesielle symboler som gir masse fantastiske bonuser (alt fra penger til nye spesialbevegelser). Naturligvis er det også mulig å kjøpe ting i butikker og plukke opp penger fra falne fiender.
Paper Mario 2: The Thousand Year Door vil komme i salg for GameCube den 12. november.