Spillets forvirrende historie er som følger: Vitenskapsmenn fra G-Force har ved hjelp av genetisk materiale fra Godzilla klart å dirke frem det de kaller for "Godzilla-matter", et praktisk talt usårbart stoff som består av det samme materialet som de radioaktive piggene på Godzilla sin rygg. Vortaakene (noen slemme romvesener) får nyss om dette og angriper Monsterøya for å stjele dette stoffet og ta kontroll over jordas monstre.
Som Godzilla må spilleren kjempe mot de invaderende romvesene for å hindre dem i å fullføre sine onde planer. I tillegg må han redde andre monstre fra fangenskap. For å hindre ham i å gjøre dette sender Vorticia (antakelig den veldig, veldig onde lederen for romvesnene) fiendtlige monstre, UFO-er, hypnotiserte militærenheter og andre skumle saker mot ham.
Slaget om jordkloden vil foregå i flere byer verden over (inkludert San Fransisco, Los Angeles, Tokyo, Osaka og New York), og disse byene er naturligvis fullstendig ødeleggbare. Ved å slå knyttneven i en skyskraper kan du lage et stort og gapende sår i bygningen, og fortsetter du mishandlingen vil den til slutt falle sammen som et korthus.
I tillegg kan du spille både PS2 og Xbox-versjonen av Godzilla: Save the Earth mot andre mennesker over nettet, og her får spillerne mulighet til å velge mellom atten klassiske monstre, inkludert Godzilla, King Ghidorah, Gigan, Mothra, SpaceGodzilla, Biollante og flere andre. Opp mot fire monstre kan gå amok samtidig, og kjempe mot hverandre i ødeleggbare bymiljøer.
Godzilla: Save the World er en oppfølger til Godzilla: Destroy All Monsters Melee, og vil komme ut til PS2 og Xbox denne høsten. Spillet utvikles av Pipeworks, som også stod for forgjengeren.