For lenge siden ble verden omsluttet av miasma, en usunn og illeluktende atmosfære som drepte mange mennesker. Heldigvis fant en ut at en spesiell type krystaller beskyttet mot miasmaen, og hver by har sin krystall. De er ikke evigvarende, og hvert år må de renses med myrra, en velluktende balsam som fåes fra spesielle trær. For å komme til disse trærne, må en selvsagt kjempe seg forbi diverse monstre, og til slutt en avsluttende kjempe. Hver by sender ut utvalgte ungdommer i en "crystal caravan" på den farlige ferden, og dette blir da din jobb. Du blir utstyrt med en "crystal chalice", en slags krukke til å ha myrra i, som legger en beskyttende ring rundt deg når du er ute i miasmaens territorium. På reisen din møter du også andre karavaner fra andre byer, og dette er med på å bygge opp under historien.
4 stammer
Før du setter ut, må du lage karakteren din. Hver karavane kan ha inntil 8 karakterer, hvorav en kan styres av gangen. Du kan velge mellom fire ulike stammer, hver med sine særegenheter: Clavats er flinke i forsvar og magi, Lilties er små, sterke og slåss gjerne med spyd, Yukes ser litt snodige ut og kaster magiformler raskt, mens Selkies er smidige og har stor angrepsrekkevidde. Hver stamme lar deg dessuten velge mellom åtte ulike utseender, fire for mannlige karakterer og fire for kvinnelige. Du har altså 32 utseender å velge mellom, ikke å forakte. Du velger også hvilket yrke familien din har, noe som påvirker hvilke gaver du får av dem og hvilke gaver det kan være nyttig å sende hjem. Du pleier nemlig ditt forhold til familiemedlemmene ved hjelp av brevveksling. Hver gang du har fått litt myrra får du også et brev du kan svare på og sende en gave i.
Kampsystemet er actionpreget og i sanntid. Det er litt spesielt for et Final Fantasy-spill, men dessverre ikke så godt gjennomført. Hvilke kommandoer som er aktive velger du på menyen. "R"- og "L"-knappene brukes til å bla fram og tilbake mellom kommandoene, og du kan kun gjøre én ting om gangen. Skal du først slå, så forsvare deg og deretter bruke en ting, blir det veldig knotete, spesielt ettersom alt må gå fort. All magi finner du rundt omkring på brettene, og du har dem kun for det brettet. På neste brett må du altså finne ny magi. Det er ingen grenser for hvor mange formler du kan kaste. Ved å blande to eller tre magiformler eller angrep, får du ekstra sterke formler. For eksempel blir "fire" + "fire" = "fira", og legger du på en "fire" til får du "firaga". Disse tar også lenger tid å kaste.
GBA vesentlig for opplevelsen
Rundt omkring på brettene finner du ulike skatter som gir deg ekstra styrke, mer liv, bedre magiske egenskaper osv. Disse beholder du, som magien, kun på det brettet. Når du har vunnet over en avsluttende kjempe, kan du få velge ut en av disse tingene som blir din for evig, og det er slik du bygger opp karakteren din. Hvilke du har mulighet til å velge mellom, blir også påvirket av hvor mange bonus poeng du har oppsamlet deg. Disse fåes ved å utføre ulike oppdrag, som for eksempel å la være å plukke opp ting eller bruke blandede formler. Her kommer også nytten av en Game Boy Advance inn. Ved å koble denne til Gamecuben, får du opp en radar med kart samt informasjon om hva som gir deg bonuspoeng. Det er flere typer kart, blant annet et som viser hvor fiendene er og et som viser terrenget på brettet.
Når du spiller i singleplayer, får du hjelp av en mog. Dette er en hårete liten sak som gir deg noen tips underveis og bærer din "crystal chalice". Du kan nemlig ikke bære og gjøre andre ting samtidig, så det er greit å ha hendene fri. Den kan også kjempe sammen med deg når den ikke bærer krukken. Den beskyttende ringen til myrrakrukken bør du ikke gå utenfor, da blir du påvirket av miasmaen. Dessverre blir en tregere av å bære noe, og det hender at du må vente på mogen. Den blir dessuten sliten innimellom, og da må du ta over krukken. Mogene bor i huler, og du finner ofte et hull du kan besøke. Der kan du klippe, vaske og male din mog, og fargen på pelsen avgjør hvilket kart du får opp på GBAen din. Verken moger eller monstre blir påvirket av miasmaen.
Utstyr og våpen lages ved hjelp av oppskrifter. Du kan kjøpe eller finne oppskrift på for eksempel et våpen, gå til en smed og gi ham alle ingrediensene som trengs pluss noen penger, og vips har du et nytt ett. Det er ikke alt av våpen og utstyr som kan brukes av alle stammene, og dessverre ser du ikke det før etter at du har kjøpt en oppskrift. Liv får du fra mat, og hver mattype gir deg en ulik mengde liv alt etter hvor godt du liker det. Du har en liste over dine favorittmattyper, og denne forandrer seg etter hva du spiser mest.