Bubble Bobble Evolution til PSP videreutvikler det klassiske gameplayet i de høyt elskede Bubble Bobble-spillene. I tillegg til de kjente elementene (to små dinosaurer rensker en serie brett ved å fange søte små fiender i bobler, for så å sprekke boblene slik at fiendene blir forvandlet til frukt), kommer Bubble Bobble Evolution med en haug nye elementer.
Her nevnes blant annet nye typer bobler, nye utfordringer i spillmiljøene, elementer av hjernetrim og - viktigst av alt - hvordan brettene struktureres. I originalen bestod hvert brett av en skjerm, men i BBE består det av tre sammenhengende skjermer, som spilleren fritt kan bevege seg mellom.
Hvert av brettene kommer med en nøtt som må løses for at du skal komme videre. For eksempel kan du risikere å treffe på en barriere av is, som du kan smelte ved å finne noe brennende. Et annet eksempel er å sørge for at et frø får nok vann, slik at det vokser til en stor plante som du kan bruke til å nå deler av spillområdet som ellers ville ha vært umulige å nå.
Disse tingene kan du gjøre ved å fange objekter i bobler, som så fraktes via de naturlige luftstrømmene på brettet. Utviklerne av Bubble Bobble Evolution forteller at de ønsket å bringe noe nytt til Bubble Bobble, og at introduksjonen av disse hjernetrimelementene gjør at spillet virkelig representerer en evolusjon av Bubble Bobble-konseptet.