Handlingen i Axis & Allies er lagt til andre verdenskrig. Spillet er med andre ord enda et sanntidsstrategispill hvor en får mulighet til å kjempe flere av de avgjørende slagene i krigen om igjen. Likevel har spillet en del små detaljer som skiller det en smule fra lignende spill.
Annerledes økonomi
Først og fremst er økonomi-systemet ganske annerledes enn det vi er vant med fra Red Alert-aktige spill. Spilleren har tilgang på tre forskjellige ressurser: penger, olje og ammunisjon. Disse skal riktignok ikke "samles" ute på spillerens område, men pengene strømmer jevnt og trutt inn til basen fra statlige bevilgninger. Finansene brukes for å kjøpe forskjellige enheter og bygninger.
Hver enhet trenger en viss mengde olje og ammunisjon til "upkeep", noe som gjerne kan oversettes med vedlikehold eller driftskostnader. For å få mer av disse vedlikeholdsressursene kan spilleren kjøpe olje- og ammunisjonsdepoter. Olje og ammunisjon kan ikke lagres eller akkumuleres over flere runder, så det er viktig at spilleren sørger for en jevn strøm av disse ressursene til og fra basen ved hjelp av depotene.
Organiseringen av styrkene er også annerledes enn det en gjerne er vant med fra andre spill. I stedet for at en kontrollerer hver enkelt soldat er styrkene delt inn i regimenter. Dermed blir det mindre detaljstyring på slagmarken, noe som i bunn og grunn er ganske praktisk. Regimentene en kan rekruttere er ferdig definert i spillet. Noen består av like enheter mens andre er satt sammen av forskjellige enheter som for eksempel infanteri og tanks.
Rundt spillerens base er det et område kalt basens "supply zone". Her kan skadede regimenter komme tilbake etter kamp for å bli reparert. Enheter som har dødd i kamp blir erstattet og skadede soldater og enheter blir helbredet. Det er også innenfor denne sonen spilleren kan bygge nye bygninger. Sonen kan bli utvidet ved å bygge "supply depots", bygninger som ligner veldig mye på olje- og ammunisjonsdepotene. Forskjellen er riktignok at disse depotenes eneste funksjon er å utvide supply-sonen.
Skitne triks for generaler
En annen litt spesiell funksjon ved spillet er noen spesialtriks som spilleren kan utføre etter hvert som spillet utvikler seg, i samme stil som i Command & Conquer: Generals. Hver gang et regiment er i kamp, får de erfaringspoeng som gjør soldatene mer effektive og utholdne. Disse erfaringspoengene tjenes også opp slik at en kan bruke disse til å kjøpe "special operations". Disse varierer en del avhengig av hvilken nasjon og general en spiller som, men eksempler på vanlige spesialtriks kan være høyere kampmoral, ekstra forsyninger, luftraid og mulighet for å bruke spioner.
Spillet har tre forskjellige enspillermoduser; "Campaign", "Custom" og "World War". "Custom"-modusen lar en spille enkeltslag, både på ferdige kart og kart som blir tilfeldig generert.
I kampanjemodusen skal en først spille gjennom noen helt greie opplæringsoppdrag. Etter dette kan en velge hvilken side man vil spille som, enten de allierte eller aksemaktene. Kampanjene følger andre verdenskrig kronologisk, og dermed blir kampanjene mer en historisk gjennomgang av forskjellige kamphandlinger enn en spillmodus med en gjennomgående historie og rød tråd. De små filmsnuttene som spilles mellom enkelte av oppdragene bidrar også til å forvirre. Disse består av filmavisen-aktige klipp av marsjerende soldater og har som oftest veldig lite med oppdragene å gjøre.
