Historien i spillet går ut på at Sturm, den slemme lederen av Black Hole hæren har funnet seg en ny hovedbase og har igjen satt sine øyne på Cosmo Land. Denne gangen har han ansatt nye CO-er som leder nye legioner av soldater og krigsmaskiner til kamp. Hærene i Cosmo Land må pent nødt til å samarbeide om de vil drive vekk Sturm og hæren hans.
De viktige "CO"-ene
Du går inn i rollen som en "CO" (Commanding Officer), som er den personen som har kontroll over hæren. Ved noen få oppdrag styrer du over to forskjellige hærer, og da også to forskjellige "CO"-er. Det som gjør at disse står så sentralt i spillet er at alle har forskjellige egenskaper. Noen "CO"-er har sin styrke i nærkamp, mens andre har rike onkler og kan derfor produsere billigere soldater, mens andre igjen har sin styrke i luften. Det er viktig å kjenne både dine egne og fiendens styrker og svakheter hvis du skal lykkes.
Hver "CO" har også to spesielle krefter. Etter hvert som du spiller bygger det seg opp en indikator med stjerner. Når det har kommet over et visst nivå kan du bruke den svakeste kraften eller du kan vente til indikatoren har kommet helt til topp og bruke den sterkeste kraften. Et eksempel på dette er den gamle fallskjermhopperen Sensei. Bruker du den vanlige kraften vil du få vanlige infanterister med 9 i helse (10 er maks) i alle byene du har kapret. Hvis du derimot ikke bruker den vanlige kraften, men venter til indikatoren bygger seg helt opp vil du få mye bedre soldater. Disse har - i tillegg til maskinpistoler - også rakettkastere i alle byene du har kapret.
Mer av alt, men lite nytt
I forhold til Advance Wars tilbyr Advance Wars 2 deg mer av alt. Det er selvsagt en helt ny kampanje med mange nye oppdrag. I tillegg finner du nye våpen, nye "CO"-er, nye kart og et par nye moduser i spillet. Likevel er det lite virkelig nytt her. Teknisk har spillet heller ikke utviklet seg så mye, men holder fortsatt absolutt mål, selv om det ikke sprenger noen grenser.
I spillet er det fem forskjellige områder du må passe godt på og kjempe for å få kontroll over: Fabrikker, flyplasser, havner, byer og hovedkvarter. Nytt i dette spillet er også missilsiloer som kan sende opp en rakett mot fienden. I fabrikker, flyplasser og havner bygger du henholdsvis soldater og forskjellige pansrede kjøretøy, fly og helikoptre og båter. Byene avgjør hvor stor inntekt du skal få hver runde. For hver by du har får du et fastlagt beløp. Hovedkvarterene er det viktigste å forsvare. Klarer motstanderen å kapre dette er du ferdig, uansett hvor store styrker du har. Det er kun soldater som kan kapre bygninger, så det gjelder å være oppmerksom.
